斯塔克公司最新研制的天幕卫星“霍华德”即将升空，它超强的监视功能饱受争议。而托尼·斯塔克则饶有兴致地与战争机器詹姆士·罗德穿着各自的铠甲进行连番惊险刺激的较量。就在此时，号称“突击兵”的武装机器人入侵发射场，与钢铁侠和战争机器展开激烈的混战。而指挥部方面，一名自称以西结的神秘白色铠甲人释放出神秘生物细胞，杀害了所有眼前的生物。钢铁侠在与他的对决中遭遇惨败，指挥塔也彻底毁灭。在此之后，他拒绝向神盾局汇报细节，独自一人找到正在休假的佩珀·波茨，一同调查以西结的身份及其真实目的。

神盾局局长力克福尔给了彼得·派克一个训练的机会，让他成为终极蜘蛛侠，并与其他四个少年超级英雄力王、飞虎、冲击和铁拳联手一起训练。彼得·派克却忽视了他的队友，他和飞虎必须把他们的分歧放在一边，齐心协力处理危机隐藏自己的身份。彼得·派克经历了成长，不仅学会了懂得了团队意识和合作的重要性，也对自己的命运拥有了更好的理解与安排。

　在复仇者联盟众英雄的努力下，于灭霸无限手套事件中化作为灰烬的人们，重新回到了人世间，曾经消失的蜘蛛侠 彼得帕克 也回归到了普通的生活之中，数月后，蜘蛛侠彼得帕克所在的学校举行了欧洲旅游，帕克也在其中， 在欧州威尼斯旅行时，一个巨大无比的水怪袭击了威尼斯，不敌敌人的蜘蛛侠幸得一位自称神秘客的男子搭救才击退敌人，之后 神盾局局长找上正在旅游的彼得帕克并要求其加入神盾局，并安排神秘客协助帕克，神秘客自称来自其他宇宙，并告知一群名为元素众的邪恶势力已经入侵这个宇宙了，为了守护来之不易的和平，蜘蛛侠决定与神秘客联

手段无情冷酷的正义使者惩罚者卡斯尔在追查军火贩子该隐时遇到了黑寡妇和神盾局指挥官弗瑞。神盾局志在防止他们所开发的尖端武器技术被利维坦等恐组织获取，因此急需沿着该隐这条线找到失窃的技术资料。崇尚个人主义的卡斯尔最终接受弗瑞的建议，和黑寡妇组成了临时搭档。