繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……

马文是曾经受“蟑螂”引起的“使兹克病毒”感染的小孩幸存者之一，如今已长大成人。随着其住所附近一些人士的失踪，马文越来越开始相信这种变种昆虫又已重返并肆虐人间。为了求生，为了保护家人和所爱的人，马文虽重病缠身无法离家，却要先发制人消灭这种可怕的生物。